Pouhé tři z 28 výhrad, kterými správa národního parku častovala kritickou zprávu Světového svazu ochrany přírody IUCN o poměrech na Šumavě, jsou skutečně oprávněné. Ukázala to podrobná analýza, kterou provedlo Hnutí DUHA.
Ekologická organizace zkontrolovala všechny výhrady správy a srovnala je s původním anglickým textem zprávy IUCN. Odhalila přitom, že vedení národního parku se ve své reakci dopustilo řady manipulací. Navíc v řadě bodů argumentuje kruhem nebo se zprávou polemizuje názory, které právě expertní mise vyvrátila.
Souhlas zaslouží tři výhrady: experti IUCN zaměnili letopočet změny zonace národního parku (1995, nikoli 2000), při popisu aktivit šumavských obcí opomněli uvést Regionální rozvojovou agenturu a místo termínu genotypy smrku použili pojem klony.
Podrobný přehled hlavních výhrad k materiálu správy je přílohou tiskové zprávy.
Jaromír Bláha z Hnutí DUHA řekl:
"IUCN byla na Šumavu pozvána po dohodě obou stran sporu jako neutrální a respektovaný pozorovatel, aby posoudila situaci a doporučila další postup. Je nedůstojné, jak se správa národního parku náhle snaží závěrečnou zprávu dodatečně zpochybnit poté, co pro ni vyzněla nepříznivě. Ředitel Žlábek a jeho podřízení si najednou stěžují na férově rozdělené složení mise, se kterým souhlasili, na trasy exkurzí, které z poloviny navrhli sami, na postup práce expertů IUCN, který předem znali a nic proti němu nenamítali. Vrchol představuje tvrzení, že z mise byl vyloučen Národní lesnický komitét. Náměstek ředitele Zatloukal je přece jeho vedoucím představitelem a mezi členy patří i další dva účastníci mise."
"Pečlivě jsme srovnali 28 výhrad správy národního parku s původním anglickým textem a zjistili, že namístě jsou pouze tři z nich. Zčásti jde o úplné nesmysly, dlouhé pasáže pak jsou už mnohokrát opakované názory, které však představitelé správy parku během mise IUCN neobhájili. Nejčastějším druhem výtky je argumentace kruhem - správa odmítá doporučení, aby nekácela, s námitkou, že by se tak přece snížila účinnost kácení. V některých bodech se ale dopouští otevřených manipulací s textem IUCN. Místy se zdá, jako by správci národního parku hledali ve zprávě IUCN chyby za každou cenu - například když větu, podle které se na Šumavě vyskytuje rys a tetřívek, kritizují s argumentem, že zde přece žije také tetřev. Také se ukázalo, že správa parku ani nečetla původní anglická doporučení expertů, protože kritizuje jeden návrh, který v nich vůbec není a vznikl omylem při překladu do češtiny na ministerstvu v Praze."
Historie mise IUCN:
* Misi pozval tehdejší ministr životního prostředí Miloš Kužvart v březnu 2000 po společném jednání mezi správou, ministrem a oponenty.
* Měla rozřešit dlouhodobý spor mezi správou národního parku na jedné straně a vědci a ekologickými organizacemi na straně druhé.
* Zároveň měla přinést zásadní doporučení dalšího postupu ve věci kůrovcové kalamity v národním parku tak, aby Šumava odpovídala mezinárodním kritériím pro národní parky, která IUCN stanovuje.
* Konkrétní otázky, které měla mise zodpovědět, navrhla sama správa národního parku.
 
Analýza výhrad správy národního parku ke zprávě mise IUCN (březen 2003)
 
Správa národního parku zpracovala obsáhlé připomínky ke zprávě IUCN. Skládají se ze tří částí: shrnutí a stručného stanoviska k doporučením, jež zpracoval ředitel Ivan Žlábek, a podrobné polemiky s jednotlivými body, autorem které je jeho náměstek Vladimír Zatloukal. Hnutí DUHA v této analýze spojilo všechny tři části a člení ji podle obsahu. V první pasáži se věnuje výhradám k průběhu mise IUCN, ve druhé potom polemice s obsahem zprávy.
Výhrady správy národního parku k postupu mise
* "Z účasti na misi byly vyloučeny" organizace s jiným názorem než Hnutí DUHA, "např. Národní lesnický komitét" (str. 3). Složení účastníků bylo předem dohodnuto tak, aby bylo vyvážené: 3 zástupci národního parku, 3 zástupci oponentů, 3 zástupci ministerstva životního prostředí, 2 nezávislí vědci navržení správou a 2 vědci navržení oponenty. Správa národního parku s touto férovou dohodou souhlasila.
Údajné vyloučení Národního lesnického komitétu je smyšlenka: náměstek ředitele správy Vladimír Zatloukal patří mezi vedoucí představitele této organizace, stejně jako další účastník mise, Radomír Mrkva.
* Experti IUCN podle ředitele národního parku byli na Šumavě pouhé tři dny a poté "následovala nevysvětlitelná, téměř půlroční přestávka do předání Zprávy mise" (str. 1). Ve skutečnosti si odvezli stovky stran dokumentů, map, zákonů aj. Během třídenní návštěvy se seznámili se situací v terénu a vyslechli názory stran sporu i starostů. Podklady pak několik měsíců zpracovávali a konzultovali s dalšími odborníky Světové komise pro chráněná území při IUCN.
* Správa parku naznačuje dodatečné ovlivňování mise: "[p]okud nebyly...vyvíjeny soukromé aktivity, pak do Zprávy nikdo...[po odjezdu ze Šumavy] neměl šanci zasáhnout", ovšem z "tiskové zprávy Hnutí DUHA z 5.3.2003 vyplývá, že expertům byl Hnutím DUHA poskytnut 60ti stránkový hodnotící dokument." (str. 1) Vyvolává tak dojem, jako by se o šedesátistránkové podkladové studii Hnutí DUHA dozvědělo v březnu. Přitom dobře ví, že ji Hnutí DUHA předalo expertům IUCN už při zahájení mise v září - stejně jako správě. Svůj vlastní, čtyřiapadesátistránkový podklad expertům předala také správa.
Předseda Rady národního parku František Urban dokonce řekl (na zasedání Rady 3. dubna), že Hnutí DUHA mělo zprávu IUCN předem a 24. února ji zveřejnilo na internetu. Lhal. Hnutí DUHA zprávu dostalo 5. března večer od ministerstva životního prostředí emailem adresovaným všem českým účastníkům mise včetně zástupců správy národního parku.
* "Zpráva mise nebyla v návrhu dána k připomínkám všem účastníkům mise (a pokud ano tak jen někomu), ač to tak bylo experty IUCN v průběhu mise přislíbeno." (str. 3) Ve skutečnosti experti IUCN nic takového neslíbili. Řekli jen, že tuto možnost zváží.
* "Program mise ovlivnili [sic] NGO blízké Hnutí DUHA tak, že vytvářel jednostranný neobjektivní negativní obraz o činnosti Správy" (str. 3). Program určilo ministerstvo. Rozhodlo tak, že polovinu tvořily exkurze navržené správou, polovinu exkurze navržené Hnutím DUHA.
* "Ještě než bylo možno Zprávu podrobit analýze a porovnat ji s realitou, byla do situace Hnutím Duha opět nevhodným způsobem a cílevědomě zatažena média." (str. 1) Zprávu IUCN zveřejnil na tiskové konferenci ministr. Hnutí DUHA ji už pouze komentovalo.
Nápad, aby úřady dokument po obdržení z IUCN utajily před novináři do doby, kdy jej správa podrobí kontrole, ale Hnutí DUHA v každém případě považuje za nepřijatelný.
Výhrady správců národního parku k obsahu zprávy IUCN
Hnutí DUHA pečlivě ověřovalo všech 28 výhrad, které správa národního parku vypočítala. Zjistilo přitom, že skutečně namístě jsou pouze tři z nich. Experti IUCN zaměnili letopočet změny zonace národního parku (1995, nikoli 2000), při popisu aktivit šumavských obcí opomněli uvést Regionální rozvojovou agenturu a místo termínu genotypy smrku použili pojem klony. Uvedeno je několik typických zásahů, které správa ve své reakci provedla, a ke každému připojen jeden nebo dva příklady.
* Argumentace kruhem: Správa v řadě bodů expertům IUCN vytýká, že jejich doporučení by znemožnila účinně zasahovat proti kůrovci v prvních zónách. Ovšem zpráva IUCN především požadovala v prvních zónách nezasahovat. Upozornila, že působení kůrovce je součástí přírody podobně jako vichřice nebo sněhová lavina. Patří tedy mezi přirozené proměny pralesního ekosystému, které má první zóna národního parku chránit.
Správci národního parku tedy říkají, že doporučení nezasahovat nemohou splnit, protože by zásahy nebyly účinné.
Podobně řada výhrad pouze znovu mnohokrát opakované názory správy národního parku, které však její představitelé během mise IUCN neobhájili.
* Hnidopyšství: Některé výhrady působí dojmem hledání chyb za každou cenu. IUCN například prý "uvádí...mezi faunou s velkým ekologickým významem rysa a tetřívka obecného. Pravděpodobně se jedná o záměnu s tetřevem hlušcem, jehož populace na Šumavě je nejvýznamnější v ČR." (str. 5) Zpráva IUCN přitom v tomto bodě pouze dokumentuje hodnoty Šumavy a mimo jiné uvádí dva příklady druhů ohrožených v celé Evropě, které se zde mají domov: "Sumava NP is home to many species of high ecological significance, among them lynx, black grouse and endemic fauna." To platí pro tetřeva, tetřívka, rysa i třeba losa.
Podobně "[n]ení blíže specifikováno, co je míněno "centrální částí", ani v české legislativě se tento pojem nevyskytuje."  (str. 4) Z kontextu je přitom zřejmé, že se jedná o první zónu. České úřady dost dobře nemohou po mezinárodní organizaci vyžadovat, aby v anglicky psané analytické zprávě používala výhradně termíny kodifikované domácími zákony.
* Čtení českého textu namísto anglické zprávy: Autoři připomínek evidentně zprávu, kterou experti IUCN vyhotovili v angličtině, vůbec nečetli. Některé výhrady se totiž nevztahují k ní, nýbrž k českému překladu, který pořídilo ministerstvo a kde na několika místech došlo k významovým posunům. MŽP přitom anglický text rozeslalo společně s překladem.
Například ve "4. odstavci na str. 6 uvádí Zpráva mezi vhodnými opatřeními mj. shromažďování pařezů. Zřejmě se jedná o nedopatření. Toto doporučení vzhledem k negativním důsledkům na půdu, vodní režim a biodiverzitu považujeme za zcela nevhodné."  (str. 5) Zpráva ale o žádném shromažďování pařezů nemluví. Hovoří v souvislosti s ochranným pásem, který by měl lemovat novou první zónu, pouze o odkorňování kmenů a pařezů: "debarking – pilling the logs and tree-stumps".
* Pozměňování textu zprávy IUCN: Některé výhrady hraničí s podvodem, protože správa národního parku v nich pozměňuje význam textu. "Na str. 12 v 1. odstavci se ve zprávě mise uvádí '…Zásahy těžkou mechanizací, které zanechávají trvalé poškození v krajině, prováděné v 'bezzásahové' zóně…se jen obtížně dají akceptovat…'. Tvrzení o používání těžké mechanizace v 'bezzásahové'  zóně je nepravdivé – hrubě zkresluje situaci v neprospěch Správy NP." (str. 9)
IUCN ve skutečnosti hovoří o tzv. oblastech klidu, tedy částech národního parku, které jsou uzavřeny turistům. Říká, že je obtížné vysvětlovat jejich uzavření, když se zde zároveň používá těžká mechanizace. Oblasti klidu, kam nesmí vstupovat veřejnost, ale těží se zde dřevo, jsou šumavskou zvláštností: v zahraničních parcích nemají obdoby. Obvykle bývá v národních parcích omezen vstup pouze do některých částí  bezzásahových zón.
Správa národního parku ale v citaci původního textu, kterou ve své kritice uvádí, vypustila závorky s vysvětlujícím textem "= v místech nepřístupných pro návštěvníky" a nahradila jej třemi tečkami. Takto pozměněnou formulaci napadla z nepravdivosti.
* Upravování skutečnosti ve vlastní prospěch: "Zpráva mise hovoří o netransparentnosti postupu správy parku...tvrzení je v naprostém rozporu s realitou....Speciálně pro Hnutí DUHA a názorově blízká uskupení byly poskytnuty informace v rozsahu mnoha set stran" a "převedeny postupně veškeré informace o NPŠ na WWW stránky NPŠ." (str. 10)
Správa národního parku neposkytla informace dobrovolně. Donutil ji k tomu zákon a právníci Ekologického právního servisu. Řadu dokumentů muselo Hnutí DUHA vymáhat právní cestou. Ačkoli zákon přikazuje zveřejnit je do 30 dnů, obdrželo je až po dvou letech. Teprve poté, když už je musela zveřejnit, správa informace umístila také na své internetové stránky.