Hlavní sídlo má spolek Hnutí DUHA v Brně. Kancelář má Hnutí DUHA i v Praze. Na obou těchto místech pracujeme na tématech na celostátní úrovni. Hnutí DUHA má také místní skupiny (oficiálně pobočné spolky) v dalších českých a moravských městech.

Místní skupiny se věnují ochraně velkých šelem, dopravním tématům, recyklaci odpadů, výkupu slepic z velkochovů, vystupují proti projektům škodícím životnímu prostředí, účastní se přípravy územních plánů, sází stromy, pořádají přednášky, podporují prodej zdravých potravin z ekologického zemědělství. Často úzce a úspěšně spolupracují s obecními nebo městskými úřady. Příležitostně se také připojují k naší celostátní nebo mezinárodní práci. Mezi pobočné spolky patří rovněž samostatná organizační skupina Hnutí DUHA - Sedmá generace vydávající časopis 7.G.