V České republice mezi roky 2013 a 2018 vzrostly emise skleníkových plynů v zemědělství o 8 %, zejména metanu a oxidu dusného kvůli chovu dobytka a obhospodařování půdy. [1] Při stávajícím tempu se také nejspíš Česku nepodaří naplnit cíle snižování amoniaku, který v podobě unikajících hnojiv vede ke znečištění podzemních i povrchových vod. Česká republika má kvůli únikům dusíku jedny z nejhorších evropských podzemních vod, v chemicky dobrém stavu jich není 63 %. V roce 2017 byl průměrný nadbytek dusíku na polích 101 kilogramů na hektar, což je vysoko nad průměrem Evropské unie. Komise proto doporučuje zlepšit péči o půdu například necháváním rostlinných zbytků na poli, či rozvojem ekologického zemědělství skrze vyšší podporu pro farmy, které mají zájem do ekologického režimu přejít.

Evropská komise rovněž komentuje vliv českého přerozdělování evropských dotací na biodiverzitu. Pestrost přírody se v české zemědělské krajině „soustavně plošně zhoršuje“ a to zejména kvůli velkoplošnému zemědělství, tedy velikosti polí a nedostatku krajinné struktury. Množství krajinných prvků je „extrémně nízké“, což vede k poklesu biodiverzity i nízkému zadržování vody v krajině. Ministerstvo zemědělství by se proto mělo na vznik a udržování krajinných prvků zaměřit, pokud má být naplněn cíl 10 % krajinných prvků na zemědělských plochách do roku 2030.

Evropská komise konstatuje, že „riziko spojené s užíváním pesticidů se snižuje, avšak množství prodaných nebezpečnějších pesticidů v poměru ke všem prodaným pesticidům zůstává vysoké“. Vláda by tedy měla podpořit zavádění povinných postupů integrované ochrany rostlin, které použití pesticidů předcházejí preventivními kroky, jako je například častější střídání plodin.

Vláda by také měla podpořit přechod k zdravějším a udržitelnějším potravinám, protože „Česko má stále vysokou míru nepřenosných nemocí (rakovina, kardiovaskulární onemocnění atd. - pozn. autora) kvůli stravovacím rizikovým faktorům“. To znamená přechod ke stravě obsahující více rostlin, ovoce či zeleniny, a méně červeného a zpracovaného masa. V roce 2017 umřelo v Evropské unii přes 950 000 lidí kvůli nezdravému stravování. [2] Evropská komise také upozorňuje, že v porovnání s jinými státy není  v Česku dávaná pozornost potravinovému odpadu a neexistují k tomu dostatečné statistiky.

V souladu s doporučeními Evropské komise je výzva Za zdravou a pestrou krajinu, kterou před dvěma týdny spustilo Hnutí DUHA a Česká společnost ornitologická a skrze kterou vyzývá Vládu ČR ke změně českých zemědělských dotací v rámci Společné zemědělské politiky a obnově krajinné struktury, podpoře ekologického zemědělství a lepší péči o půdu. [3]